灵能多元合作联盟看似步入正轨，新技术如春笋般冒出，各文明交流日益热络，边境贸易愈发繁荣，一片欣欣向荣之景。然而，在这繁华表象之下，一股混沌暗流正悄然汇聚，蛰伏着足以颠覆现有格局的危机。
一切起始于联盟联合科研小组对一处神秘灵能遗迹的发掘。这处遗迹位于荒芜星系的边缘，被狂暴的灵能乱流重重包裹，此前从未有人涉足。当科考队艰难突破乱流，踏入遗迹时，一股古老沧桑的气息扑面而来。遗迹内的建筑风格诡谲，墙壁上刻满扭曲的符文，似在诉说着久远到被时光尘封的故事。
科考队小心翼翼地探索，在遗迹中心发现了一颗巨大且不规则的灵能晶核。这晶核与常见的灵能结晶不同，它散发出混沌无序的灵能波动，时而炽热狂暴，时而阴寒刺骨，让周围的仪器纷纷失灵。就在众人围聚观察时，晶核突然释放出一道脉冲，径直钻入一名科考队员的意识深处。
这名队员瞬间眼神呆滞，身体不受控制地攻击起同伴。众人惊慌失措，费了好大劲才将其制服。可紧接着，更多队员出现相同症状，仿佛被某种神秘意志操控。无奈之下，科考队只能紧急撤离，将这棘手状况汇报给联盟总部。
联盟迅速组织灵能专家会诊，发现这些队员的灵能脉络被植入了一种未知的混沌指令，这指令如同寄生虫，不断侵蚀他们的理智与灵能自控力。更糟糕的是，这种混沌感染开始在联盟内部悄然蔓延，一些接触过科考队返程物资或是曾与患病队员擦肩而过的人，陆续发病。
与此同时，联盟边境星球传来噩耗。原本安宁的矿业星球，矿工们在开采灵能矿脉时，意外挖出了形似虫卵的黑暗灵物。这些虫卵迅速孵化，钻出一群周身散发着腐臭气息的黑暗灵虫。灵虫所过之处，灵能矿脉被迅速腐蚀，化作一滩散发着恶臭的黏液，星球生态也遭到严重破坏。
“星耀灵能军团”奉命前往镇压，可当他们抵达时，发现黑暗灵虫极为难缠。常规的灵能攻击打在灵虫身上，就像石沉大海，毫无效果。灵虫反而越聚越多，还融合成巨大的虫巢，不断喷吐出腐蚀性的黑暗灵能液体，让军团战舰与士兵都陷入苦战。
祸不单行，幻光族与晶汐族那边也状况频出。幻光族的灵能生命永恒存续实验基地莫名发生爆炸，珍贵的实验样本毁于一旦，数位顶尖科学家失踪，现场只留下丝丝缕缕混沌又黑暗的灵能痕迹；晶汐族用来储存灵能水晶工艺机密的宝库被盗，监控系统一片空白，没有任何入侵者的影像资料，唯有一缕若有若无的黑暗灵能波动，暗示着事情绝不简单。
联盟高层意识到，这一系列事件绝非偶然，背后定有一股强大且隐秘的黑暗势力蓄意谋划，妄图借由混沌与黑暗，搅乱灵能多元合作联盟，坐收渔翁之利。杨博、林凡等强者牵头成立应急专案组，全力追查幕后黑手。
专案组首先从那名最初被混沌晶核影响的科考队员入手，运用深度灵能回溯技术，试图还原他在遗迹内的遭遇。画面中，众人看到晶核深处隐隐有个黑影一闪而过，那黑影周身弥漫着黑暗与混沌交织的气息，散发着令人胆寒的恶意。虽然没能看清真容，但这成了重要线索。
顺着线索，情报部门地毯式排查近期联盟内外的异常人员流动与灵能波动。终于，在一个偏远的星际黑市，特工们发现有人暗中售卖疑似来自幻光族实验基地的失窃样本，还有一些沾染上神秘黑暗灵能的晶汐族水晶碎片。
特工们迅速出击，然而黑市鱼龙混杂，一场激烈枪战爆发。神秘卖家召唤出黑暗傀儡掩护自己逃窜，傀儡身形高大，由黑暗灵能驱动，不惧普通枪炮。联盟特工们且战且退，关键时刻，“耀光箭队”及时赶到，用蕴含混沌灵能的箭矢将傀儡一一击碎，才成功擒获卖家。
经审讯，卖家是个被重金收买的星际混混，只知道雇主是个神秘组织，出手阔绰，要求他收集这些特殊物品，送到指定地点。根据混混提供的线索，专案组追踪到一个废弃的星际堡垒，堡垒四周被黑暗灵能迷雾笼罩，阴森恐怖。
联盟军队悄无声息地包围堡垒，而后发动突袭。可刚踏入堡垒，众人就遭遇重重陷阱。地面突然裂开，喷出黑暗火焰；头顶降下锋利的黑暗冰晶，稍有不慎就会被贯穿身体。“磐岩卫队”拼尽全力撑起护盾，为队友开辟道路；“星跃突击队”利用空间跳跃，绕过陷阱，直捣黄龙。
深入堡垒内部，他们看到一群黑袍人正围绕着一口巨大的黑暗灵能熔炉忙碌着。熔炉里翻滚着混沌黑暗的灵能，不断吸收着四周失窃的样本与水晶碎片，似乎在孕育着什么恐怖的存在。黑袍人见联盟军队闯入，并不慌张，反而发出一阵癫狂的笑声。
“你们来得太晚了，灵能多元合作联盟的好日子到头了！”为首的黑袍人叫嚣着，双手一挥，熔炉内涌出一群黑暗灵能魔怪。魔怪身形各异，有的长着巨大的爪子，能撕裂空间；有的口吐黑暗灵能光束，威力惊人。
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